In Staffel zwei muss sich das Team um Professor Nick Cutter (Douglas Henshall) nicht nur mit den Kreaturen aus vergangenen und zukünftigen Zeitaltern herumschlagen, sondern auch mit einer gefährlichen Verschwörung in den eigenen Reihen …

Episode 1 Bestürzt stellt Cutter nach seiner Rückkehr fest, dass Claudia Brown in seiner Welt nicht mehr existiert. Und das ist nicht das einzige, was sich zum Nachteil verändert hat: Anstelle von Claudia ist jetzt der schmierige Oliver Leek die rechte Hand des schnöseligen Team-Chefs Lester. Allerdings staunt Cutter nicht schlecht, als er im (nur für ihn) neuen Einsatzzentrum The ARC eintrifft.

Doch zum Eingewöhnen bleibt keine Zeit: In einem Einkaufszentrum haben es sich gefährliche Raptoren gemütlich gemacht

Episode 2 Cutters Verwirrung hat nach dem Neuzugang der PR-Frau Jenny Lewis kein Ende. Eine grausame Ironie des Schicksals will es, dass Jenny bis auf stilistische Unterschiede aussieht wie seine geliebte Claudia. Die toughe Karrierefrau reagiert sehr irritiert auf Cutters Avancen und hält ihn ebenso wie Lester für einen Spinner. Derweil arbeitet Connor an einem Anomalie-Detektor, wird jedoch durch die attraktive Zufallsbekanntschaft Caroline abgelenkt sehr zum Missfallen von Abby. Action erlebt das Team diesmal in einem Hochhaus, in dem fleischfressende Riesenwürmer ihr Unwesen treiben.

Cutters renitente, undurchsichtige Frau Helen taucht bei ihrem Ex-Lover, Cutters Freund Stephen auf und verfolgt offenbar weiter dunkle Pläne.

Episode 3 In einem Vergnügungspark wird ein Gast von einem riesigen Raubtier getötet. Allerdings hat der Anomalien-Detektor zu Connors Verdruss nicht Alarm geschlagen. Bald stellt sich heraus, dass es sich um eine Säbelzahnkatze handelt, die schon länger in der Gegenwart zu Hause ist.
Beunruhigender ist da schon die vor dem Team verborgene Tatsache, dass Leek offenbar Connors neue Flamme Caroline bezahlt, um ihn auszuspionieren.

Und es kommt noch besser: Helen scheint die Drahtzieherin hinter Leek zu sein!

Episode 4 Connors Anomalien-Detektor scheint endlich zu funktionieren! Aber auch dieses Mal ist das Team zu spät, als ein Zeitloch in der Nähe der Themse entdeckt wird: Es ist bereits ein Junge verschwunden. Die Spannungen zwischen Stephen und Cutter führen dazu, dass der Professor kurzzeitig von Lester gefeuert wird. Doch Cutter gibt nicht auf, denn auch Abby wurde von einem seltsamen Riesenseehund aus der Zukunft entführt.

Gemeinsam mit Connor, der wegen Abbys Verschwinden sichtbar emotionalisiert ist, sucht er auf eigene Faust im Londoner Untergrund.

Episode 5 Wieder schlagen Connors Sensoren Alarm, und wieder bricht kurz darauf das ganze System zusammen. Cutter und Connor erkennen, dass sie durch einen Insider sabotiert werden. Der Professor verdächtigt seinen ungeliebten Boss Lester. Während dessen dringt ein von Leek insgeheim zusammengestellten Söldner-Team in die Anomalie vor und versucht dort, Kreaturen einzufangen. Doch sie werden Opfer von riesigen Skorpionen im Sand der Wüste. Als Stephen und Cutter ebenfalls durch das Portal kommen, finden sie ein dort gestrandetes, vermisstes Mädchen. Doch dann schließt sich die Anomalie und alle drei sind in der todbringenden Vergangenheit gefangen. In der Gegenwart erkennt Connor seine wahren Gefühle für Abby und macht per SMS Schluss mit Caroline.

Doch die entführt einfach Abbys Liebling Rex

Episode 6 Ein gewaltiger kolumbianischer Mammutbulle verursacht ein furchtbares Chaos auf einer wichtigen Autobahn. Obwohl es das Team unter großen Mühen schafft, das Tier einzufangen, kommt es zwischen Cutter und Stephen zum offenen Bruch: Die intriganten Helen gaukelt Stephen vor, dass man endlich alle Erkenntnisse an das Licht der Öffentlichkeit tragen müsste, um einen Missbrauch des Projekts durch Lester und die Regierung zu verhindern.
Stephen ahnt natürlich nicht, dass Helen mit Leek unter einer Decke steckt. Cutter stellt sich gegen ihn und Stephen verlässt das Team. Während Cutter, Abby und Connor dem ihnen unbekannten Verräter eine Falle stellen, hetzt Leek seinem Boss Lester einen ferngesteuerten Zukunfts-Predator auf den Hals. Die Lage spitzt sich zu

Wie es weiter geht wird man sehen. Es wird eine dritte Staffel Primeval geben und diese wird gleich 13 Episoden haben.